Kernzonen dienen dem klassischen Naturschutz. In diesen Gebieten können sich Ökosysteme (beinahe) ohne menschlichen Einfluss entfalten. Die Kernzonen müssen rechtlich verbindlich nach nationalen Schutzbestimmungen festgelegt sein. Das ist auch im Großen Walsertal der Fall.

Insgesamt machen die Kernzonen im Großen Walsertal knapp 20 % der Gesamtfläche des Tals aus. Damit sind diese Zonen wesentlich größer als in den nationalen Bestimmungen mit mindestens 5 % vorgegeben. Zu den Kernzonen gehören das Gadental (Naturschutzgebiet und Natura 2000-Gebiet), Faludriga-Nova (Naturschutzgebiet), das Hochmoor Tiefenwald (Hochmoorschutz), der Oberlauf der Lutz (Fließgewässerschutz), Kirschwald-Ischkarnei und die Rote Wand (Schutz der Alpinregion).